生物質鍋爐運行中消耗的生物質燃料，當然燃料也要符合一些條件才可以，如果其質量不達標或者規格不符的話，會直接造成生物質鍋爐的運行受到不好影響。除了生物質鍋爐給料合格之外，它的清洗系統也要設計合理。
作為生物質鍋爐的燃料，要摻混均勻，不均勻的話容易出現層狀堆積，導致直線螺旋給料機進料時無法摻混均勻，出現單一燃料進入料倉，影響生物質鍋爐的正常運轉。
還有關于生物質鍋爐燃料的水分，不能大于設計規定范圍，以免造成燃料黏結，堆積密度增加，空隙率減少，在料倉堆積壓實，形成堆積墻，產生蓬料，主要是單一螺旋不能運行時比較顯眼。
另外，燃料內長纖維所占比例以及燃料的顆粒度大小，都會影響著生物質鍋爐的運行，要么因燃料黏結產生團狀連接，形成料塞，要么因燃料顆粒而增加堆積密度越大，產生蓬料和堵料。
生物質鍋爐清洗系統的設計也有很多講究，比如說臨時管道內不得有砂石和其他雜物，水平敷設的臨時管道朝排水方向的傾斜度不得小于1/200。生物質鍋爐清洗泵入口應加裝小于5mm的濾網，且水箱水位應高于泵入口至少2m，目的是為了不出現氣蝕。
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